（1）网站地图和网站导航在表现形式上的差异。网站导航表现为网站的栏目菜单设置、辅助菜单、其他在线帮助等形式，而网站地图表现为一个表明了栏目结构并且设置了相应链接的一个网页。网站导航设置是在网站栏目结构的基础上，进一步为用户浏览网站提供的提示系统，由于各个网站设计并没有统一的标准，不仅菜单设置各不相同，打开网页的方式也有区别，有些是在同一窗口打开新网页，有些在新打开一个浏览器窗口，因此仅有网站栏目菜单有时会让用户在浏览网页过程中迷失方向，如无法回到首页或者上一级页面等，还需要辅助性的导航来帮助用户方便地使用网站信息。
（2）网站地图和网站导航的联系。两者之间的作用和目的是一致的，而且并不是互相独立的，网站地图通常是一个网页，网站导航则是一个系统，网站地图也属于网站导航系统的一部分，只不过由于其特殊的作用而给予特别的重视。
（3）网站地图和网站导航在功能方面的差异。网站导航的基本作用是让用户在浏览网站过程中不至迷失，并且可以方便地回到网站首页以及其他相关内容的页面；而网站地图的基本作用是让浏览者可以对网站整体框架有快速的了解，并且可以通过网站地图中各个栏目的链接直接进入相应的栏目，一个设置规范的网站地图还有另外一项重要作用，就是为搜索引擎检索网站内容提供方便，增加网站在搜索引擎中的排名优势。也就是说，网站地图既要给访问者看，也要给搜索引擎“看”，有时后者更重要，网站导航则主要是为用户获取信息和服务提供方便，因此在设计方面，网站地图要考虑到搜索引擎收录网页的特点，而网站导航主要考虑用户访问网站的习惯。
